Des monstres grotesques, semblables à Godzilla, appelés « kaijuu« , apparaissent au Japon depuis de nombreuses années. Pour combattre ces bêtes, une unité militaire d’élite, le Corps de défense, risque quotidiennement sa vie pour protéger les civils. Une fois qu’une créature est tuée, des « balayeurs » – travaillant sous l’égide de la Professional Kaijuu Cleaner Corporation – doivent se débarrasser de ses restes.

Kafka Hibino, un homme de 32 ans, est insatisfait de son travail de balayeur. Depuis son plus jeune âge, il aspire à rejoindre le Corps de défense et à tuer des kaijuus pour gagner sa vie. Après quelques tentatives ratées, il a abandonné ses rêves et s’est résigné à la médiocrité qui lui assurait un salaire décent. Néanmoins, lorsqu’une ambitieuse recrue de 18 ans, Leno Ichikawa, rejoint son équipe de nettoyage, Kafka se rappelle une fois de plus son désir de rejoindre l’armée.

À la suite d’une série d’événements malheureux et d’une interaction avec le jeune balayeur, Kafka rencontre un kaijuu de type parasite qui s’introduit par sa bouche et le transforme en un monstre humanoïde. Avec ses nouveaux pouvoirs, Kafka veut donner une dernière chance à son rêve de toujours.